ロケット団幹部に苦戦中です…

対シエラは、カウンター・グロウパンチのルカリオ（個体値93以上）があれば、どの組み合わせの３体が来てもルカリオ１体だけで勝てますよ。コツは、カウンターで落とせる時はグロウパンチを出さないことだけです。
一応、２番手と３番手には、水タイプまたは悪タイプか、かくとうタイプを置いておけばいいかと。

対クリフは、滝のぼり・波のりのカイオーガを１番手、バレットパンチ・コメットパンチメタグロスを２番手に置いておけば、ほとんどはメタグロスまでに倒せます（カイオーガはプテラを削るだけでの役割です）。保険として、３番手にマッドショット・波のりラグラージを置いておけば完璧でしょう。

タスクのためとかだったらなおさらのこと、強そうな相手は早々にあきらめて次に行けばいいんじゃないですか？
クリフもシエラもそこにしかいないわけじゃないんだし。

まずはガードはずしなのでルカリオとなります。
私はやったことがないですが、本来は2番目以降に出そうと思っているのを先頭にしておいて、開始直後にルカリオに変えると相手は3秒ほど硬直して時間が稼げるそうですので、やってみたらいかがでしょうか。

一回やって3匹目までを見たら、パーティを組みなおせば、TL44に上がろうという方でしたら、できないことはないと思います。

あと、TLが上がるにつれて、したっぱもリーダーも少しずつ強くなるみたいなので、掲示板とかでこれでできます、というのもあまり信じすぎないほうがいいです。ほとんどの場合は技１違いで非常に強く感じるのではありますけど。

今回は3人共、最初はルカリオを使っています。
カウンターとグロウパンチですぐにシールド２枚はがせる&グロウパンチのお陰で攻撃力が上がるので、上手くいけばルカリオだけで全て倒せます。
ちなみに私は、100%個体をあめXLを使う前まで強化し、技解放して使用しています。

２体目、３体目に何が来るのか、技は何かで対策ポケモンは変わってくるので、ルカリオ以外は状況によって入れ換えていますが、一応…

クリフ
ルカリオ　ダークライ　トゲキッス

シエロ
ルカリオ　ダークライ　マンムー

で、まず戦ってみます。
シエロは、最後のヘルガーが炎技だった場合、ダークライをラグラージやカイオーガにしてみるといいと思います。

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クリフ
　カイオーガ、ルカリオ、ローブシン
シエラ
　ロズレイド、ルカリオ、ローブシン
初手のみ違っていますが、2匹目以降は格闘でゴリ押ししています。他の方が言われているように初手をルカリオにしてシールド剥がしをするのもいいかもしれませんね。

TL39です。
カイオーガを育てていないので、下記の主にメンバー勝利しています。私の場合、シエラが一番楽勝でした。

シエラ：
ルカリオ（グロウ）, カイリキー, カイリキー（または、ネギガナイト） ... 全て LV40。何も考えずに、かくとう３人衆にしています。

クリフ：
テラキオン（いわ構成）, ギラティナ（オリジナル：ゴースト構成）, ルカリオ（グロウ）
タイミングよければ、テラキオンだけでプテラを倒すこともありました。全てLV40です。

最近は12kmたまご12個集めて月曜日の「いつでも冒険モード」の報酬でほしのかけらを使っているタイミングで孵化させるため、結構な頻度でR団と戦うようになりました。ランダムに出てくる10kmたまごと違って確実に揃えれますので。
そんな感じで最近はR団との対戦はほとんど作業となっていてパーティーも固定しています。
今回はリーダーも含めて、ルカリオ、カイリュー、バンギラスで戦ってます。いずれも個体値100%でPL40まで強化済み。
ルカリオのグローパンチでシールドを剥がしてから、カイリューはりゅうのいぶき/ドラゴンクローでバンバン技を撃てるので、相手の硬直時間を利用して勝ててるって感じでしょうかね。

面倒なので、一度勝つとメンバー固定でやるので結構的外れな選択になってるかもしれませんが、交代硬直をうまく利用すれば割とどうにでもなります。
今登録しているパーティだと
シエラ
・ルカリオ(グロウ・はどう)
・バンギラス(噛・エッジ)
・カイリキー(爆パン・いわなだれ)
クリフ
・カイオーガ(なみのり)
・ルカリオ
・オリジン(あやかぜ・シャドボ)
アルロ
・ルカリオ
・ガブリアス(すなじごく・地震)
・ヒードラン(かえん・エッジ）
でした。
結構てきとうにやってるので(それでも倒せる)、あまり参考にならないかもしれませんが頑張ってください。

クリフの、かみつきプテラには苦労しました。ラグラージ、ルカリオ、ともに2枚目のシールドを剥がす前に死亡。クロスチョップカイリキーでようやく討伐。