ポケモンGOの回答詳細

カビゴンやカイリューばかり使われるのは、対策に使えるカイリキーなどをナッシーくらい手に入りやすくすることで回避して欲しいところです。
名声とレベルの仕様ですが、歩いて遊ぶのが前提のゲームなので、強固なジムにすれば何日も歩かずに報酬を稼げるようなものではない方がいいでしょう。しかし、占領したばかりのジムが奪い易すぎるのはなんとかして欲しいです。
ポケモン設置の+2000と全ポケモン撃破の-1000は無くし、1体目の設置で5000スタート、名声2000でレベル2、4000で3、6000で4、8000で5、10000で6、13000で7、17000で8、22000で9、28000で10、35000で打ち止めくらいがいいでしょう。
バトル順は累計被ダメージ(HP%)の少ない順で、同数はシャッフル。脱落者は累計100%以上ダメージを受けたもののうち被/与ダメージ比率の悪いものなどの戦績で決まるのがいいでしょう。(物量で攻めてくる相手に当たった人が有利にならないように、レベル差に応じた補正などが有るといいかも)
トレーニングに貢献した人を優遇するのは、一箇所に留まって遊ぶことを助長することになるので、好ましくない気がします。
ラッキーは与ダメージが少なくて倒された場合は不利ですが、相手が面倒くさがって降参してくれれば、100%に達さずにしばらく生き延びられるかも知れません。
あと、バランスの話からは外れますが、自分がジムに置いたポケモンの戦果を見られるようにして欲しいですね。何と戦ってどれだけダメージを与えたかとか。