ポケモンGOの回答詳細

育てるつもりならば、ポイントは今の時点でどちらの方が強いかではなく「最終的にどちらの方が強くなるか」です。

ポケモンのステータス（攻撃力・防御力・ＨＰ）は
（種族値＋個体値）×レベルによって決まった値
となっており、これを元にＣＰが計算されています。

種族値はポケモンの種類によって決まった数字で、個体値はその個体によって0～15、レベルによって決まった値はレベルが上がるにつれ大きくなります。

今の強さでは判断せず、個体値が高い方を選べば最終的に強くなります。

個体値を調べる最も手軽な方法は、ゲーム内のコマンドでチームリーダーに調べてもらうことです。
どのチームリーダーも最初に4段階で総合評価を言ってくれるので、その評価が異なるようならその評価が高い方を選べばいいでしょう。

その評価が同じ場合、続いて最も高いステータスについて教えてくれますが、それだけでは総合でどちらの方が強いかわからないので、外部ツール等でより詳細な個体値を割り出す必要があります。

単純に3種類のステータスの個体値の合計で「○○/45」が高い方が強くなる場合が多いです。
より専門的には、種族値も含めて「攻撃力×防御力×ＨＰ」が高い方が戦闘力が高い（死ぬまでに敵に与えるダメージの総量が大きい）のでそれで比べるのが正確です。
個体値だけの掛け算でなく種族値も合わせたものの掛け算であることに注意です。

ただ外部ツールですと、個体値をだいたいまでしかしぼってくれない（攻撃力と防御力を合わせて12～14など）ことがほとんです。
しかしそこから考えられる個体値の組み合わせから逆にＣＰを計算してみると、ぴったり当てはまる組み合わせはひとつだけということが多いです。
個体値を正確に知りたい方は、ＣＰの計算方法は各サイトに出ていますので、ぜひこの確かめ算をやってみて下さい。
個人的には、ポケモンのレベル判定だけは外部ツールに頼っていますが、そこから先は自作のＥｘｃｅｌシートで個体値を絞り、「攻撃力×防御力×ＨＰ」で比べています。