自分だけでしょうか？

通信状態が悪いのではないでしょうか。
ポケモンGOは、結構通信状態が悪くても割と動くアプリで、そのかわり溜まった処理がまとめて実行されたりします。
今日、不思議アメの変換をやって、8個変換を指定してOKを押したら全く反応がなく、認識されなかったのかなとついうっかりそのあと2回ほどOKをクリックしたら……画面無反応が続いたので再起動したのですが、しっかり不思議アメが24個減っておりました。いやそんなに変換する必要なかったのに（泣）。

「急に倒れて次のポケモンも黄色」というのは、実際はかなりの間通信が途絶えていて、そのために本来倒れているはずの一匹目が（倒れたという情報がサーバから伝わってこないため）画面上は攻撃を続けている（耐久も減らず）が、サーバ側ではすでに次のポケモンに交代しており、そのポケモンがダメージを受けていた、という状態だったのではないかと思います。通信が回復したときに、それらがまとめて一気に行われたためにそういう形になったのではないかと。

以前フーディンのソロ（念力/気合い玉）をやってる時、良い調子で進んで「勝てるぞ！」という状態の時、ポケモンの交代時にいきなり全部やられる、というのを何回か経験してます。フーディン戦でそれやられたら100％勝てません。何度かそれが起こり、それで「念力/気合い玉」のフーディンソロを止めたという過去があります。

ソロじゃなくても、レジアイス戦でも、ポケモン交代時にいきなりゲージ半分やられてる、というのはしょっちゅうです。　ジムバトルでも、誰かが先に入っていた場合、自分が入るといきなり防衛ポケモンのゲージが当たり（どうにも防ぎようがない）ゲージが黄色状態から始まる、とういうのもほぼ毎度のこと。

バグなのか仕様なのか？　最近呆れてます。

通信環境かもですよ。5玉のレイドでもWi-Fiや電波状態が悪いとなることありますよ。

LV3のソロレイドは結構やりますが、ご指摘のようなことは気付きませんでした。すいません。

よくあります（笑）、困る時とゲージが溜まってよかった時といろいろです。

先程レジアイスのレイドで、2体目がまだゲージがほとんど残っていて、レイドボスのゲージ技も発動していないのに突然死亡して3体目に切り替わる現象が起きました。
3体目のゲージはフルに残っていたので、ようかんさんの現象とは完全に一致してはいませんが、似ていると思います。
無事討伐できましたし、捕獲にも成功したので特に気にする事は無いのですが、ギリギリの人数の時に発生したら嫌な感じてます。