ポケモンGOについて質問してみよう。
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ポケモンGOの回答詳細
今回の件以前にも、同様のポケモン消失にあった人がいるらしいので、偶々、今回問題が表面化しただけかもしれません。
ただ、母数からすると非常に少数なので、基本は帰ってくるが、稀に帰って来ないという事になります。
恐らく、ナイアンはジム削除時、対象となるポケモンのデータを抽出し、データ移行処理をしていると思います。
データ処理中に、対象のジムにポケモンが置かれる、又は、ポケモンが倒される等して、対象のポケモンの情報が変更された場合、正しくデータ処理がされない可能性があります。
通常、このような作業をする際は、システムをオフラインにしますが、ポケモンgoはメンテナンスやアップデートのため、一時使用停止になるという事もないし、どう管理してるのか疑問です。