ポケモンを交換したら個体値やCPは変わってしまうのですか？

個体値はランダムに変動します。それに連動してCPも変化します。連動幅が交換画面で確認できます。元通りにはできません。しかも、一度交換したポケモンはもう交換できません。交換相手との仲良し度によっては最低保証値が設定されており、大親友ならば5-5-5です。キラならば12-12-12です。個体値が90以上のポケモンを交換することは得策ではありません。大抵下がります。しかも3番手評価か最低評価に。交換用は、個体値よりも高PLに限ります。ベビィを除き、砂が5000以上が望ましいでしょう。上手くキラになれば、あっという間にカンストできますよ。

この機能が実装された時、なんで個体値変わるのよ！って批判がありました。売買の対象にならない為と思ってましたが、今ではガチャの楽しみをつけたのかな？と思ってます。

どんな低個体の本来すぐ博士行きの子が100パーになる事もある訳ですから。
キラれば強化の砂も半分で済みます。

交換要員の子達が増えてボックスを圧迫してるのは困りものですけど(笑)

個体値は変わりますが、強化レベルは変わりません。ただしトレーナーレベルによっては強制的に下げられる事があります。例えば、TL30の人にPL35のポケモンをトレードで渡した場合など。
個体値は上がる事もあれば、下がる事もあります。個体値が変われば当然cpも変わります。
まぁ、ある種の賭けですね。
詳しくは、こちらのサイトでも解説されていますので、一読される事をお勧めします。
https://pokemongo.gamewith.jp/article/show/23743

交換すると個体値が変わるので、CPも変わります。

交換して個体値が変わらない事もあり得ますが、確率はものすごく低いです。