ミュウツーダメージ凄く受けます。

シャドウポケモンは攻撃力が特別に強化されていますので、フシギダネのようなポケモンからの攻撃でも、かなりダメージを受けます。

まずはタイプ相性を理解して、相手の攻撃を軽減しつつ、相手に対してバツグンをとれるポケモンで戦う必要があります。

尚且つ、自分のポケモンは相当強化しておく必要があります。
レイドで捕獲した状態のミュウツーでは全く話にならないでしょう。

対戦中、右上の相手のCPをご覧下さい。
5000とか6000はザラです。表示がないのは1万を超えてるそうです。
レイドボス並みですね。それなりのポケを出さないと負けますよ。

そういうものですね。
ミュウツーはかなり攻撃力がありますが、防御力はそれほどでもない。
何よりエスパー属性はエスパー自身とかくとうしか軽減できないので、ほとんどの攻撃を等倍以上で受けることになります。
特に舌で舐めるのカビゴン戦など、きあいだま打つ前に削り切られますよ。

…ですので自分は、舌で舐めるじゃないカビゴン戦に２番手で出すとかを考えます。

私の感覚だと、攻撃タイプのポケモンより、防御寄りのポケモンの方が有利に戦える気がします。
カンストミュウツーより、ルギアの方が長く戦える気がします。
また、カイリキーみたいなのでカビゴンと戦うより、
ディアルガやカイオーガの方が長く戦える気がします。
外の方はいかがですか？

そこまでロケット団やってないのですが、
対毒が一番やりにくい感覚がありますので、
薬ももったいないので結構避けてます。

今は100%カンストディアルガで終わらせますが
ディアルガがいないと
出てくる可能性のあるものに対応しないと
なかなか辛い戦いになってます。

岩とかすごーく楽なんですけどね。