ポケモンが消える(盗まれる)原因教えてください。

他の方も回答されていますが、最も考えられるのはアカウントが乗っ取られている可能性です。
ただ、完全にアカウントを奪うのではなく、あなたが捕獲したレアポケや良ポケをトレードで奪い取っているのではないかと思われます(ダークライはトレードできないはずなので、なぜ消えたのかという疑問は残りますが)。

対策としては、Googleアカウントのパスワードを変更してみる事です。
その際、過去に使った事のないパスワードにしましょう。
可能なら、パスワード生成アプリなどで英数・記号・大文字・小文字などがランダムに入ったなるべく長いパスワードにしてみる事をお勧めします。
これでしばらく様子を見てみられてはいかがでしょう？

配信数日後から始めてますが、今までそのような事象は起きていません。

考えられるのは、悪意をもっている方がmakさんのスマホを操作してポケモンを博士送りにしているか、フレンド交換して持ち去っているかです。また、アカウントのID、パスワードを知っていて、勝手に操作しているか。

交換はぼうけんノートに記録のるのかな？知らないや。博士送りは残らないですね。

どちらにせよ、早急にアカウントのパスワード変更とスマホの認証の変更をお勧めします。

連携しているGoogleアカウント自体を別のアカウントに変更するのはどうですか？少し大変かもしれませんが。相当に悪意のある誰かがPWも解析してそのアカウントを自由にしているのかもしれません。そんなことが可能なのかは分かりませんが。
それでもまだポケモンが消えるようなら、あとはご自身が意識外で消している事しか考えられなくないですか？これはふざけた回答ではありません。なんらかの意識障害も視野に対応を考えなくてはいけないのでは？と思いました。

役に立つか分かりませんが、全ポケモンの飴の数を記録しておけばトレードされたか、博士送りにされたか、なんらかの不具合で消滅したかは、分かりそうですよね。普通ならそこまでやらないでしょうが、普通じゃない事例なので、私ならそこまでやるかなと思い書きました。お役に立てば。

makさん
初めまして。

大変失礼ですが、何か不正アプリなどを使用して
ゲットしたポケモンやアイテムたちではないでしょうか？

もしそうなら心当たりがあるため、ここに問い合わせたりは
しないでしょうが、googleログインして使う
個体値計算アプリなどを使っても不正でBANやポケモンを
消去されることがあるらしいです。

主のされた行為が本当だとすると不正アクセス禁止法に該当します。お近くの警察署（交番ではなく）に相談しに行ってください。犯人は3年以下の懲役または100万円以下の罰金に処される可能性があり結構罪が重いです。もし仮に警察署で門前払いされたなら弁護士契約をして弁護士同伴で警察署に行ってください。ほぼ間違いなく被害届は受理されます。

makさん、こんばんは。心中お察しします。
僕はそのような経験がないですが、カレンさんの回答にある、 "寝る前にポケモンの飴を毎日記録する" というのが一番いいと思います。
ポケモンGOでは博士に送っても、トレードしても飴が増えるようになっています。
特に伝説は今、ゼクロム以外増えることはありませんから勝手に飴が増えていれば、乗っ取りの可能性がでてくると思います。
その際は、誰にも気づかれないよう記録して下さい。誰が犯人か分からないですから。

専門的な知識は当然ないですし、自分がこのような経験をしたこともありませんが、これまでにネットの情報で目にした内容だと
①泥酔状態、寝ぼけて自分で博士に送ってしまった。
②起動状態のまま衣類のポケットに入れたことによる誤操作。
③身内、特に子供が勝手に触っていたケース。
④皆さんがあげる不正アクセス。
⑤運営によるミス？らしい事。
などがあります。

運営のミスらしきものは、アカウントごと全部なくなったような話で、一部のポケモンだけ消えるのは不自然です。
不正アクセスについても、遠方の人がやると位置偽装の問題が出てくるはずなので、近場にいてあなたの行動を知っている人に限られてくる気がします。
なので現実的には、自分もしくは身内がらみの①、③が原因だと思うのですが。
運営のミスがあったとしても、まず認めないでしょうから。

私もgeodesicさんと同意見です。

第三者による不正アクセスなら、さっさとアカウント乗っ取って売り飛ばす等していると思うし、いつパスワード変更されるか分からないのに、足が付くリスクを負ってまで、何ヶ月もの間、不正アクセスを続けるとは考えにくいです。

身近な人を疑うのも何ですが、やはり、家族やポケモン仲間による仕業のような気がします。

誰かにパスワードを教えたり、端末を貸して操作してもらったということはないですか？

自分ではそのような経験ありませんし、まわりでも聞いたことがありません。とりあえず、パスワードを変えて様子を見てみてはいかがでしょう。それで再現しなくなれば、誰かがあなたのIDでログインしていたことになります。Googleアカウントを利用しているのであれば他のアプリでの悪用も心配です。

証明するためのエビデンスが必要です。

ポケモンGOをプレイしてる様子を画面録画する
→送っていないのにポケモンがいなくなるか、レアアイテムを削除していない状況を動画で残さない限り難しいですね。

スマホに触れることのできる人物（家族や友人等）が一番怪しい気がするけどな。子供のいたずらとか、家事を怠けてポケモンGOをしている夫に立腹した奥さんとか。

Googleアカウントを取得したら、ポケモンGOなんかよりも、もっと価値のあるものを奪取して、すぐに消える。もしくは、ばれないようにこっそりメールを覗き見をして、価値のある情報を盗み取ると思う。こんな風に、気づかれながら何ヶ月も金にならないことを続けない。

不適切な内容を含むため、削除されました

自分の指紋しか操作出来ませんは
主さんかも寝たら奥さんはどの指の指紋で認証してるかわかってるなら
やりかねませんよ？

スマホしょっちゅう触るなら、不倫疑ってスマホ見てたかもしれないですし
認証を奥さんのも設定してしまえば、いつでも見れます。
ポケモンGOをよく思わない人なら、お気に入りを送っちゃったかも？

それを踏まえた上でも、もう一度指紋認証設定を確認すべきですよ。
旦那が寝ちゃえば、家族なら見放題ですから。

ポケモンGOを始めてから機種変更されていませんか？

今はキャリアと契約してなくてもwifiで繋がりますし、データ削除されてなかったら古い端末から起動、操作されているのかも

googleアカウントのパスワード変更も、古い端末でポケモンGOと紐づけしていたらそのまま起動するかは、詳しくないのでわかりませんが

原因事例の一つかと思いますが、お役に立てば。