ポケモンGOの回答詳細

色違い難民 Lv320

公式サイト
https://pokemongolive.com/post/teamchange2019
に以下のように記載されています。

チームを変更する前からジムに配置していたポケモンは、チーム変更後すぐにポケモンボックスに戻ってくることはありません。チームを変更した後、ジムに配置していたポケモンが倒されると、そのポケモンはポケコインを持たずに帰ってきます。また、チームを変更する前にポケモンを配置していたジムを訪れた場合も、そのポケモンはポケコインを獲得せずに帰ってきます。