今回のアップデートについて

車、電車、あるいは飛行機程度の速度であれば、ペナルティは起きないはずです。

今まで拝見した数十件のペナルティ報告を元に考えると、ペナルティが起きるのはテレポートのレベルでGPS座標が移動し、なおかつポケモンかポケストにタッチした場合のみです。例えば、東京のポケストを回した３秒後に、ニューヨークのポケストを回した、とか。通常の手段では不可能な移動に対してのみ、発動するようです。

ただ、これはあくまでもGPSの情報に対して起こるので、GPSの不具合でそうなってしまうこともあります。自分は動いてないのに、不具合で画面上のトレーナーが色んな所に移動してしまう場合ですね。その際は、不具合が直るまでポケストやポケモンを触らなければ大丈夫です。

ちなみに、こういったペナルティは、今回のアプデ以前からあります。
逆に、このアプデで違うペナルティのルールが追加されたというソースがありましたら、ぜひお知らせください。

止まるまで操作不能というのは、とてもよい方法に聞こえますが、
タイヤの回転とリンクさせて移動中、移動終了を判定するカーナビに対して、
スマホはGPS信号のみを判断材料にするため、
そんな仕様にしたら「操作できないよ！」ってクレームが増えそうです。

あと、他の方が回答していらっしゃいますが、
ペナルティは電車での移動程度では発生しません。
詳しく検証をしたわけではありませんが、
100km単位を一瞬で移動すると発動するようです。

また、その条件ですが、
ポケストップを触る以外にも、
ポケモンの捕獲動作もペナルティ発動条件になっています。
私の家の近くに立つと必ず長距離ワープ するポイントがあるのですが、
そこへ行く前にポケモン捕獲画面に入っていたりすると
問答無用でペナルティ食らいます。

　推測の域を出ませんが、ゲームの性質上運転しながらプレイするなどの危険な遊び方をするプレーヤーは少なからずおり、なんの対策、警告もしないと問題が起きたときに追及されかねないので追加したのではないかと思います。またアプリ側からではユーザが運転手か同乗者かを判別することが出来ないので、一括りに一定速度を超えたら警告を表示（他にも条件があるかも）という仕組みにしたのでしょう。ソフトウェア開発の分野では、ユーザは間違った操作をすることを前提に設計するべきだということも聞いたことがあるので（あまり詳しくありませんが）、やや強引に運営が推奨する遊び方で遊んでいる人の一部を巻き込むのも致し方ないことではないかと思います。
　質問者様が提唱されている「停止時のみ操作可能にする手法」は、運転しながらプレイしている人を対象にした場合に注意がスマホからさほど離れないことになるので、効果が薄いのではないかと思います。カーナビは運転を補助するためのものなので操作できなければなりませんが、GOは違うはずですよね。
　私はアプデ以降は徒歩とバスでしかプレイしていませんが、確かにGPSの精度不良で警告メッセージが出ることがあります。しかしペナルティまでは受けたことがないので、仕組みとしては概ね問題ないのではないかと思います。長文失礼しました。