ポケモンGOの回答詳細

正確にはカウントされないわけでも消えているわけでも無く、”1000個までしか読み込んでくれない”が正解です。
1000個を超えてもサーバ上では取得した分はちゃんと保存され、2000個でも3000個でも記録されています
ですが、その情報をご自身のポケGOアプリに読み込むのが「新しくアクセスしたものから順に1000個まで」しか読み取ってくれず
1000個に達した時点で読み込みをストップしてしまうため、結果的に自分の携帯から見ると1000個しか所持できず消えているように見えるのです。
このため、一旦消えてしまったように見えたジムも再度ジムの近くへ行ってタップすると、新しくアクセスしたものから順に読み込まれる対象になるため、復活します


なぜこんなことが起きるかと言うと、ジムの数は日本だけでも数万、数十万とあるでしょうから
仮に何十万というジムバッジを所持していた人が、リストやジムバッジの地図を開くと
それだけで何十万件分のデータが通信されることになり、膨大な通信量がかかったり、サーバにすごい負荷がかかってしまうためどこかで制限をかけなければいけないからです。
不具合ではなく意図的にそうなってるので、ポケGOのサーバーが大幅に増強され、2000件3000件、果ては1万件とアクセスしても大丈夫なくらいにならないと直らないでしょう


ジムバッジの画像は表示しなくていいから、どこのジムを取得したかの地図だけでも各自の携帯保存にして通信しなくてもいいようにならないかなぁ…
1000個に達した時点でカウントが増えない（ように見える）のと地図にも1000個までしか表示されないのは、収集意欲が激落ちするので寂しいです