ポケモンGOの回答詳細

こんばんは。

まず、ジム配置ポケモンへの木の実やりは、質問にも挙げられているジム貢献度アップだけでなく、少しずつですが「ほしのすな」も貰えるので、私もゲームを進める上で非常に有効な戦術と認識しています。

さて、質問に対する回答ですが、トレーナーごとのプレイスタイルによるところが大きいので、ご自身で最適解を見つけていただくしかないと思いますが、私の場合、

・木の実については、ジム配置ポケモンへの投入は「ナナのみ」（他の実よりも1.25倍の回復効果）メインで考えマスので、「ナナのみ」は常時50個キープを基本に多ければ多いほど良しとし、他の実は20個～100個を目安にポケモン捕獲時の使用を基本とする（木の実は捨てません）
また、「銀のパイルのみ」は最低50個キープ（タスクを捨てることで調整）、「金のズリのみ」は最低100個で多いほど良しとする

・薬は、「まんたんのくすり」を250～300個、他は「すごいキズくすり」は最低1個でなるべく捨てない、「キズくすり」、「いいキズくすり」は、アイテムがボックスを圧迫しそうな場合は躊躇いなく捨てる

・「げんきのかたまり」は200～250個、「げんきのかけら」は最低1個でボックス圧迫の場合は躊躇いなく捨てる

・ボールは、イベント内容などにより変動幅が大きいですが、「ハイパーボール」、「スーパーボール」は捨てず、ノーマルボールはボックス圧迫の場合は躊躇いなく捨てる

という方針で臨んでいます。
（「すごいキズくすり」、「げんきのかけら」を最低1個キープしているのは、かつての仕様でアイテムボックスを開いたときに「しあわせタマゴ」が表示されて誤タップした失敗を防ぐための名残のようなことです。）

ちなみに、以前私も「まんたんのくすり」、「げんきのかたまり」が増えすぎたことがありましたが、その時、それぞれ100個以上断捨離しました。以降は、適度にジムバトルするなどして、捨てることはなくなったところです。

ご参考になれば幸いです。