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ポケモンGOの回答詳細
メガブーストの効果自体は重複しませんので、ずらしたほうがブーストがかかる時間は長くなると思います。
ただ、ブーストは自分自身にはかからないので、少人数の場合は火力のあるメガシンカポケモンにブーストをかけたほうが効果的な場合もあると思います。
例えば（説明簡略化のためメガゲンガーとギラティナの生存時間が同じだとして）
2人討伐で
1人目 メガゲンガー、ギラティナ...
2人目 ギラティナ、メガゲンガー...
の場合、ブーストがかかるのはギラティナ2体分ですが
1人目 メガゲンガー、ギラティナ...
2人目 メガゲンガー、ギラティナ...
だとメガゲンガー2体分にブーストがかかるのでトータルの火力はアップすると思います、
3人討伐だと
1人目 メガゲンガー、ギラティナ、ギラティナ...
2人目 ギラティナ、メガゲンガー、ギラティナ...
3人目 ギラティナ、ギラティナ、メガゲンガー...
だとブーストかかるのはギラティナ6体分。
全員がメガゲンガー、ギラティナ、ギラティナ...
だとブーストかかるのはメガゲンガー3体分となり、このように討伐人数が多くなればなるほど、ブーストがかかる時間を長くしたほうが効果的かと思います。
レイドで複数人がそれぞれメガシンカポケモンを使う場合は、初手にまとめるのがいいのでしょうか？またはそれぞれずらして登場させるのがいいでしょうか？
こちらの記事に3人でユクシー討伐した際のメンツが載っていますが、それぞれ初手メガゲンガーのようなので疑問に思いました。
https://pokemongo.gamewith.jp/article/show/294232
もしくは、同じメガシンカポケモンならまとめたほうが、効果的なのでしょうか？
色違い難民さん、回答ありがとうございます。同じメガシンカポケなら同時出場は2匹がベストで、3匹めはずらしたほうがいいと理解しましたが正しいでしょうか？
実際は生存時間や討伐時間などの要因もあるのでその都度判断していくことになるかと思います。例えば添付された画像のケースだとパーティに悪も多いのでゴーストのメガブースト時間を伸ばすよりもメガゲンガー自体をブーストさせたほうがいいという判断かもしれません。（実際のところは記事書いた本人に聞かないと分かりませんが）
先に書かれているように、メガブーストの効果自体は重複しないのですよね。となると3人目は同タイプの高火力ポケのほうがよさそうな。。結果的にそれがメガゲンガーなのかな？
そうですね。3人目は単純に高火力のゴーストタイプということでメガゲンガーなのかもしれません。3人目は2体目にメガゲンガー入れて、残り2人にブーストかけるのとどちらが総ダメージ量が多くなるかは細かく計算してみないと分からないですけど。