今更ながら

恐らくですが、その1体が死ぬまでに与えるダメージ量が大きい順に選ばれています。なので、出来るだけ少ない数のポケモンで、そこそこのダメージを与えてレイドを終わらせたいなら、自動選択のままでいいと思います。

ただ、ダメージ効率はよくないことがほとんどです。多人数のレイドの場合は短時間で終わりますので、終了までに与えるダメージの総量が他の参加者より少なくなる可能性が高くなります。その結果、ダメージ量のボールがゼロになることもありえます。

レックウザレイドなら、自動選択はボスゴドラが選ばれます。20人でやればボスゴドラ1体半ぐらいで終わりますが、もしルージュラ3体を使った人がいて、それぞれのダメージ総量を比べたら、ボスゴドラはルージュラの半分ぐらいになってしまいます。

ボスによっては、自動選択でダメージ効率の良いポケモンが選ばれることもありますが、非常に限られたケースだけだと思います。

自動選択より、相手の弱点突けるポケモンを選択するのが正解。
相手の弱点を突けるタイプ、技を覚えるのが基本。
例えばほのおポケモンならみずタイプですよね。
火は水で消せるのだから、そういう感じで覚えてみては？

自動選択は基本的に相手のゲージ技へのこちらの相性、CP、こちらのゲージ技を考慮して決定されると思われますが、主にゲージ技への耐性相性が重視されるので相手への攻撃相性などは二の次になるので、一番良い選択ではありません。

相手へのタイプ相性などを考慮して自分で選出することをオススメします。考えるのも面白味だと思いますよ。