納得いかない

ネットワーク状態が悪いとき、そのようなことはあり得ます。
これはポケモンに限らずこの種のゲームでは仕方ない面があります。

サーバーとの接続が一時的に途切れたとき、アプリ側はある程度バトルの状態を予測して処理を進め。サーバーとの接続が回復した際に、正しいデータ（サーバー側のデータ）に更新します。

例えば、バトル中にレイドボスのHPゲージが一度は赤になったのに、回復して黄色に戻ることがありますが、これもシステムが予想したHPよりも、実際のHPのほうが多かったため、正しいデータに更新した結果、レイドボスのHPが回復したように見えてしまうのです。

おそらくはご質問のケースでも、アプリ側の予測では倒せてたけど、実際のサーバー上のでデータでは倒せてなかったのだと思います。

海外サイトの掲示板に類似ケースについてのナイアンからの回答があります。
https://www.reddit.com/r/TheSilphRoad/comments/6v551s/raid_boss_gaining_hp_unbeatable/?utm_term=29625802762&utm_medium=comment_embed&utm_source=embed&utm_name=d688734d-af1e-4e23-bf70-7ac4129a5405&utm_content=footer
（日本語訳が他の攻略サイトにあるんですが、ここに貼るわけにもいかないのでご了承ください）

こんばんは。
わたしの場合は逆で体力ゲージがまだ残ってるのに終了するパターンです。スクショではCPの減少が始まっているのが確認できます。

この時はサブバッテリーで充電した直後で、スマホが熱を持ってちょっと不安定でしたね。

おそらくスマホ側とサーバー側の同期がうまくいかないと、そういったズレが起こってしまうんじゃないかなぁと思います。
参加した全員が同じ症状ならその地域の通信環境やバグも考えられますが、特定の人だけならその端末に何か問題が発生してた可能性が高いと思います。

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回線細いお前が悪い

6秒だと惜しかったですね。通信ゲームなんで。
残り５秒～６秒残して倒したのに、タイムアップは私もよくあります。
ナイ社がくすりとレイドパスを使わすための陰謀かと思いました。
ポケコインもかなり損したと思います。
バグとか通信エラーとかつきもんなんで、気分を
切り替えて頑張りましょう!!

これは悔しいですね。
討伐した後に数秒カウントが進むのは昔からではありますが、経験上、5秒ほど残して討伐状態になれば、何とかギリ間に合う(逆に5秒切ってるとタイムアップになる)くらいと見てました。もっと余裕が必要なのですね。

これは最近出てきた話では無くて
レイド実装当初から起こっていた事象です。

他の方の回答にあるナイアンの正式回答を見て、想像していたとおりでした。

今はアプリが軽く軽快に動きますが、以前は重くアプリ落ち、フリーズ多発でした。
この時期では軽快なiPhoneに対して、Androidはスタートで出遅れ、5秒残しでタイムアップなんて当たり前、深夜、早朝は良いけど混雑する時間帯ではさらにひどいAndroid。
ぎりぎりのソロはiPhoneじゃないと無理なほどで、泣く泣くiPhoneに換えた人も多かった。
回線だけでは無く機種による差もあると思います。

通信が必要なゲームですから仕方ない部分もありますね。