ポケモンを番号順にしたときに同じポケモンがどういうルールで並び替えられているか教えてください。

ふつうに、CP順に並べて欲しいです。
次のアップデートに期待します。

同じような疑問を持っておりますが、小生の感触を申し上げます。基本的にはCP順でしたが、花イーブイ登場2回目（19年9月頃）か仮装ピカチュウ（19年10月頃）くらいのタイミングで、コスチュームごとに分けられるようになったと思います。そして、この頃から、一部のポケモンでシャドウポケモンデータが追加されると、既に図鑑登録済にもかかわらず、ニアバイで影表示された時期がありました。これは、該当ポケモンでは、従来データと新規データが区別されているためではないかと考えられます。これに該当するポケモンと完全に一致するかまでは未確認ですが、小生の手持ちでは、一部の未進化ポケモンで2019年10月以降捕獲のポケモンは、CPが高くても、下に表示されるようになりました。ややこしいのは、進化ポケモンで、捕獲が2018年とか古くても、最近進化したものは、下に表示されています。そのため、12月コミュデイ進化ポケモンは、それ以前に進化したものより下に表示されています。これらはバグかと思いますので、いつか修正されるかと思いますが、使いにくいですよね。

以前、別質問を入れたことがあるのですが、ヒコザルのコミュデイの時、それ以前捕獲の個体が先に表示され、コミュデイのものが後に表示されました。同じ容姿なのにCP順にはなりませんでした。

その後、注意して見ていると、同じ容姿でもCP順にならないものがいくつか見られることが分かりました。
ミュウツーなどは分かりやすく、アーマードを挟んでサイコブレイク実装前後が分かれてしまってますよね。
そうなる理由は結局分かりませんが、個体を示すデータが少し変わり、それが影響しているのでしょう。
私は少なくとも容姿同じ個体はCP順に戻ってくれることを切に要望したいですけど。

私も知りたいです。
是非、教えて下さい。

基本的にはＣＰ順
ピカチュウやイーブイみたいに特殊なコスチューム(サンタ帽子、花飾り等)があるポケモンは、それぞれコスチュームごとに分けられてからＣＰ順に並ぶ。
画像の場合は花飾りがないポケモンが全て先にきて、花飾りがあるポケモンが全て後にきてＣＰ順に並んでるって感じ。

cpの高い方から順に並んでいると思われます。