ポケモンGOの回答詳細

2技が発動するかしないかの着眼点は非常に良いと思います。
2技は、構成によって大体1技の2倍から20倍程度の与ダメージが期待できます。

今回の対カイリキーの場合、ルギアはひこう・エスパーでかくとう技を0.51倍で受けられるので防御型の種族値も相まってルギアの方がミュウツーよりだいぶ丈夫に感じられると思います。
カイリキーの技構成や2技の発動具合によってはミュウツーのDPSを上回る瞬間もあるかもしれません。
ただ次の自ポケモンの出現時間を考慮しても対カイリキーではミュウツーの方がかなり安定して高いDPSを出すようですね。
まぁお気づきの通りその差はごくわずかです。
同じエスパーひこうのネイティオを入れてソロカイリキー倒している人もいます。
ポケモンGOの今の仕様は最優先は人数が集まること、プレイヤーが増えることを最優先にゲームバランスを設定しているため、複垢の禁止も明示しています。
ソロでプレイする場合はある程度の適正ポケモンを揃えることで☆3までは対応できますが、どれだけベストのポケモンを最高の状態で揃えても基本的に☆4は以降は不可能となっています。
そのため、良くも悪くも自分の手持ちや好みに応じてポケモンを強化して使うことが可能です。

余談ですが雑計算で、参加者全員の端末にエラーやバグ等がでない、かつ全員最後まで諦めなければ個体値オールゼロPL11のかみつくあなをほるラッタを大量に持っている集団20人でもカイオーガレイドに勝てるようです。