ポケモンGOの回答詳細

you Lv272

ボールを投げる時に出る円の範囲・ポケモンのデザインと実際のボールの当たり判定は異なります。また小さいポケモンは奥行きも少ない分だけ奥への判定も狭いです。
そして円やデザインより判定が低く奥行きも少ないポケモンは、距離がとても近いと放物線で上昇中のボールが判定を飛び越えてから落下しはじめる形になりやすく、これがすり抜けたように見えます。

放物線で飛ぶため、なるべく高い位置を狙って少し下がっても当たるという感覚で投げると飛び越えてしまう近い距離とこれらの傾向のあるポケモンが重なると厄介です。