パニック！ポケモンが消えた

その最初に持っていたというムチュールはいつ手に入れたものですか？

孵化のタイミングの関係で、タマゴ孵化のアニメーションより前にboxに入っていることがあります。
なので、boxを見たらcp675のムチュールがいる→孵化のアニメーション開始→cp675のムチュールが産まれる。→box見ても1匹しかいない。
ということは普通にありえます。

以前から最初のムチュールがboxにいることを確認していたのなら、なんらかのバグで消えてしまった可能性もありますが、最初のムチュールがいつ入手したか覚えていない。初めてboxで確認したのがタマゴ孵化直前なら、上記のような現象だと思います。

今日私が経験したのはトレーニングをしていてあと1,000上げれば良かったので、２体半分のポケモンを選び残りはなんでもいいと思いポケモンを入手順にして適当に選ぼうとしたら一番上に見たことのないマンタイン…トレーニングが無事終了しポケモンを設置すると10玉が“おや？”……さっきのマンタインが産まれました。
ワクワク感を返してほしい。

卵は孵化の演出の直前の時点で、ボックスに産まれるはずキャラが先に入る事があります。
微妙に不具合っぽい気もするのですが、そういう勘違いが起きる以外の実害は無い(実際にポケモンが消えたりするわけでは無い)のであまり気にしない方がいいでしょう。