見えないキラフレンド？

フレンド間の情報は定期的に同期されていると思われます(例えばフレンドが捕獲したポケモンの情報など)。推測ですが、キラフレンド実装直後にキラになっているという情報が同期すべき項目に含まれていなかったのでは無いでしょうか。そのため相手側のアクション(ギフトの開封など)でキラになった場合に、キラになったという情報が自分の側に送られてこなかったのでは無いかと…。

ただ、Nammilliaさんの場合はお互いキラになっていないのに、トレードすると最初の1回がキラになると言う事なので、片方だけがキラになっている状態とは違っている様に思われます。

実は私も妻とトレードすると初回のトレードでキラになって「あれ？キラフレンドだったっけ？」みたいな事がありました。
内部的にはキラになっているけど、画面上ではそうなっていないという事もありそうな気はしています。

キラフレンドの前から実装されている、キラ確定の要件を満たしたからではないでしょうか？
・交換に出したポケモンが、201607~201608に捕まえたポケモンだった
・どちらかが一方がキラ確定での交換回数が10回未満

そうでなければ、たまたまでしょう。

ただし、頻繁に交換するフレンドより、たまにしか交換しないフレンドの方がキラになりやすい気がします。

実装初期のバグらしいのですが
片方のみキラ表示され、交換でキラにならないケースがあるようです。
私も一度なりました。

レイドに行った際に、親しいフレンドからキラになってるよって声をかけられ初めて知ったくらいです。
自分側はキラ表示にならないので、相手からしかわかりません。
試しにそのまま交換してみたら、とりあえずキラになりましたけどね。

内部データ的な話は分かりません。