レイド用メガレックウザどっちがいいですか?

どちらでも使用感に大きな違いはないでしょうけど、レイド用なら私は躊躇なく攻撃15を強化します。

どういうプレイスタイルかにもよりますけど、エナジーに余裕があるなら両方メガシンカさせてもいいと思います。同時には使えませんけど。

図鑑埋めを重視しているなら、色違い1体だけメガシンカさせれば通常色も埋まります。通常色を常用するが図鑑も埋めたいなら色違いも一度はメガシンカさせる必要があります。

Lavistaさんもお書きのようにレイドのアタッカーで使う分には体感できるほどの差は無いです。

あとはもう気分の問題で（たとえ差は無くとも）攻撃力の高いほうを使うか、見た目カッコいい黒いほうを使うかです。
どうしても1体だけしかメガシンカできないなら好きな黒いほう使うのも全然アリだと思います。

で、差がどれくらいあるかというと攻撃力は種族値＋個体値で計算されますからメガレックウザの攻撃種族値が377なので

攻撃個体値12ならトータル攻撃値389
攻撃個体値15ならトータル攻撃値392

となり、その差は1％未満です（389/391=99.5%）。

「攻撃15なら相手を倒し切れるが、攻撃12だと相手のHPが紙一重で残る」なんてケースはほぼ無いでしょうし、仮にあったとしても対戦ならまだしもレイドだと次の通常攻撃で相手は倒れるので、それで困ることは無いと思います。