リーダーの評価が低いほうがＣＰが高い？

CPは攻撃力に偏って計算されています。
どちらかというと防御力とＨＰを圧縮していると言った方が正しいです。

ＣＰ＝攻撃力×（√防御力）×（√ＨＰ）÷10

（なお、蟹さんが示されている式が攻略サイトなどでも一般的なのですが、現在のステータスで上記のように表記するのが分かりやすくてオススメです。
レベル係数はそれぞれのステータスに含まれており、計算結果は同じです。）

もし全てのステータスが100ならば
100・10・10　（÷10）
になるということなので、防御力とＨＰは大きく圧縮されています。

なので多くの場合は攻撃力が高い方がＣＰが高くなるのですが、ではどちらの方が強いのかということについては次のように考えています。

戦闘に与える影響は攻撃力・防御力・HPすべて等価で、どれがn倍になっても死ぬまでに的に与えるダメージはn倍になります。
戦闘力を、死ぬまでに敵に与えられるダメージの総量、つまり「技が同じならどちらか勝つか」を表す指標とするならば、戦闘力は単純な3ステータスの掛け算で表すことができます。

なぜCPの計算で防御力とHPにルートをかけているのかについては、正直なところはっきりわかりません。
敵を倒す速度を評価しているのだとしても、時間のことを言うなら防衛側では防御力とHPを強く評価するべきですし、ルートをかけるというのはあまりにも圧縮しすぎです。
今のところは、CPを単純な乗算にすると戦闘力をバッチリ表しすぎるので、CP通りにならないことがあるようにぼかしているのではないかと考えています。

というわけで、それぞれの「各ステータスの種族値に個体値を足したものを掛け算した値」で比べるのが正解だと考えています。

注意点として、バトルで使うのは進化後なので、ワンリキーならばカイリキーの種族値で考える必要があります。

カイリキーの種族値
攻撃力：198　防御力：180　ＨＰ：180

ＣＰ597の方。12-14-11の場合
（198＋12）×（180＋14）×（180＋11）＝7781340

ＣＰ597の方。12-13-12の場合
（198＋12）×（180＋13）×（180＋12）＝7781760

ＣＰ600の方
（198＋15）×（180＋10）×（180＋11）＝7729770

ということで、ＣＰ597の方が強いです。
カイリキーにしてレベルと技が同じで対等に殴り合ったら今597の方が勝ちます。

なお特定のレベルでのステータスを調べることが目的でないので、レベル係数は必要ありません。

もしこの計算が面倒なら、一般に種族値が低いステータスの個体値が高い方がより強くなります。
「個体値によって種族値から何％伸びたか」が問題だからです。
なんとなく「種族値の高いステータスがより伸びた方が強そう」は逆なので注意です。

CPの計算式が、攻撃値にウェイトを置いているからです。

なので、全体的な個体値は勝っていても、攻撃値が低めだと、CPでは負けてしまうことがあります。

ちなみに、CPの計算式は：
CP = (ATK * DEF^0.5 * STA^0.5 * CPM^2) / 10

ATK＝種族攻撃値＋個体攻撃値
DEF＝種族防御値＋個体防御値
STA＝種族スタミナ値＋個体スタミナ値
CPM＝レベルに応じた乗数