第２世代追加後

特に変わらないと思います。それよりイーブイの進化枝分かれが追加されて（３→５）に技ガチャ要素以前に進化ガチャになるので今のうちに沢山イーブイ乱獲してシャワーズハイドロ何体か作っておいたほうが良いだろうね。

先に述べられた方々と被りますが、レアポケモンが出やすい地域へ遠征するのが良いのではないかと思います。
私の場合、【プテラ】は【ラプラス】が出やすかった地域をウロウロしている時に突然出てきましたし、ポリゴンは仕事で東京に行った際に、不忍池で偶々ゲットしました。
私がゲットした時よりも野生で【プテラ】【ポリゴン】共に出やすくなっているようです。

あと、ここからは個人的主観ですが、レアポケモンが出やすい地域のポケストップから出た【たまご】からも、レアポケモンが出やすいと感じています。
実際に【プテラ】×2【ラプラス】【ポリゴン】【ラッキー】×2【サワムラー】が孵化しましたので財布に少し余裕があれば、近隣のレアポケモンが出やすい地域へ遠征してみては如何でしょうか。
ただし、10㎞たまごが出にくくなっているらしいので、【プテラ】が出るのは至難の技かもしれませんが、ゼロではありませんので。

あと第２世代ですが、正直分からないです。
個人的に今年中の実装は無いと思っていますが、何があるか分からないので、今出来ることを一応行っています。
イーブイ、ズバット、ヤドン、タッツー、ニョロモ、イワーク、ストライクの良個体確保やラッキーとポリゴンを含む飴集め等を行っています。

田舎ですので、レアはカビゴン、カイリュー以外はほとんど卵です。

ナイアンの回し者では無いですが、卵もご一考されてはいかがでしょうか？
ちなみにプテラ１、ポリゴン２孵化しました。

追加の仕方にもよりますが、卵は第２世代追加になるとより出なくなることが予想されます。

野生で捕獲にこだわり無ければ試す価値はあるかと思います。

種類が増えるとゲットはもちろんアメ集めが難しくなりそうですね。
ただ追加される進化元(シードラ→キングドラ、イワーク→ハガネール等)はアメがあれば即進化できるので集めるに越したことないと思います。
イーブイは良個体を集めてトライ？
たまごは孵化するのが増えるのでしょうか。

追加の仕方によるでしょうね。

例によって公式発表が皆無なので、実際の追加のされかたは事後に確かめるしかなさそうです。100種全部をまんべんなく追加するのか、何種類かに分けて追加していくのか、場所／ソースのタイプによって追加されるポケモンが変わってくるのか…　現時点では憶測しかないですね。

ただ、プテラのようなレアポケに関して言えば、現時点でもそこら中に湧くポケモンではないので…　多少確率が減っても、特定のポケモンを狙うなら出やすい場所に遠征する、という基本スタイルは変わらないんじゃないでしょうか。