出現ポケモンの変化？

ワニノコが出ていた期間が１週間程度であれば、巣が変更になったのではないでしょうか？

私の家の近くに小さな公園があり、そこも何かしらの巣のようになっています。
ポケソースが２箇所くらいしかないほどの広さなので、レアポケモンでない場合巣かどうかわかりにくいですが、明らかに野生では出にくいポケモンがニアバイで頻出する時があるので、欲しいポケモンだったときは寄り道して通ったりしています。（ポケソースが少ないので通るたびに１匹捕まえるくらいですが）

＞出現ポケモンがいきなりガラッと変わること
に関しては、イベントのときはもちろんガラッと変わりますし、たまーになにがしかの調整が入って少しポケモンの傾向が変わったかな、と感じたことはあります。

ただ、ワニノコはやや出にくいポケモンなので、ガラッと変わるような気がしませんし、常に出ているようなら上記の通り「小さい巣」なのではないかな、というような印象ですね。
池や川・海沿いだった場合は他の水系ポケモンもよく出ると思いますし。

巣が変更になったのが原因だと思います。
巣は公園や寺社、ゴルフ場などが比較的大きくて認知されていますが、もっと小さい巣もたくさんあります。
私の活動エリアでも、河川敷にポツンと有る単独ポケストップ近くのソース5個程や繁華街に有るポケストップ脇のソース2個、ポケストップもジムも無い田んぼの真ん中道路周辺のソース5個が「巣」のわき方をしています。