(同CP・同ｽﾃ比較)レイド産ポケモンは野生より強い？

このツールの「対戦個体値」という単語が一般的でないため、推測になりますが、恐らく、個体値一位を100%とした時、入力したポケモンが上位何%になるかを表示している、と思います。
また、①のレイド・孵化に絞るとは、比較対象をレイド・孵化ポケモンに絞る、という意味だと思います。
一位個体の攻撃個体が低い場合、①に絞る事で上位個体が対象から外れるので、相対的に数値が上がるようです。
逆に、MLのような個体値100が一位の場合、①に絞る事で下位個体が対象外になり、数値が下がるように見えます。

レイドで入手やたまご孵化のポケモンと野生でのポケモンで、cp、個体値が同じなら違いはありません。

おっしゃられるツールで何匹かポケモンを試してみましたが、値が異なるのは「対戦個体値」だけでした。また必ず「レイドボス・タマゴからの入手に絞る」にチェックをした方が対戦個体値が良くなるわけでもありませんでした。例えcp1473でFFEのフシギバナの場合は「レイドボス・タマゴからの入手に絞る」をチェックした方が対戦個体値は低くなりました。

推測ですが、この「レイドボス・タマゴからの入手に絞る」のチェックはレイドやたまご孵化のポケモンのPL(すなわちPL20、PL25)を前提としているのではないでしょうか？

またこの質問はGameWithに訊く方が的確な答えが返ってくると思いますので、ぜひ問い合わせてその回答をここに記載していただくと、疑問を持たれた皆さんにも役に立つと思います。

完全に同じステータス(攻撃、防御、HPの個体値が同じで尚且つCPが完全に一致している)場合、育成支援ツールで実際にレイド産とGBL報酬の同ステ試した所、結果中のいずれの値も変化しませんでした。
また、同ステでもポケモンが違う場合は、育成支援ツールでの結果の値も変化します。