どっちのカビゴン強化した方がいいのでしょうか？

まずはじめに、サイズ（重さ・高さ）は現在のところステータスやバトルには一切関係ないです。
バトル以外でも、コイキングとコラッタだけサイズが関係したメダルチャレンジがありますが、それも集めたからといって何かいいことがあるわけではないようなので、サイズは全く気にしなくてよさそうです。

ＣＰは攻撃力・防御力・ＨＰの3ステータスを総合したある程度の目安となる値です。
各ステータスは種族値・個体値・レベルで決まります。
種族値は種族によって固定なので、同じレベルまで育てたときのステータスの強さは個体値によって決まります。
チームリーダーに調べてもらえば3ステータスの個体値を総合した評価を聞けるので、まずはそれを参考にして下さい。
より詳しい個体値の調べ方などはここでは割愛しますので、興味があれば調べてみて下さい。

またバトルでの強さには個体値だけでなく技も重要です。
カビゴンは回避やタイプの相性を考えない場合に計算上強いのは攻撃側は「したでなめる・はかいこうせん」、防衛側は「しねんのずつき・はかいこうせん」ですが、防衛側のはかいこうせんは高確率で避けられてしまうので、実際に最も嫌がられていて強いと思われるのは「しねんのずつき・のしかかり」のカビゴンです。
カビゴンは最も防衛時間を稼げるポケモンでもあるので、私なら1体だけ好きに選べるとしたら「しねんのずつき・のしかかり」のカビゴンを選びます。
ただカビゴンは極端なはずれ技はないので（あえて言えばじしんですが、使いどころはあり、弱くはないです）、捕獲も育成も難しいことを考えれば、個体値がそこそこ高ければ縁があったカビゴンを育てればいいかなとも思います。
技マシンが実装される可能性もありますしね。

なおＣＰ1000程度から1500程度に追いつくにはそれだけでアメがたくさん必要になりますので、相棒機能も合わせて育てるまでどれくらの時間と労力がかかるかも考えて、現実的に育てられる方を選ぶことも重要です。
個体値や技がよくてもいつまでも実戦で使えないようでは意味ないですからね。

その情報だけではちょっと選びようがありません。
リーダー評価を参考にしてはいかがでしょうか？

カビゴンは出やすくなったとは言っても日に何匹も捕まえての飴調達はできませんし、相棒機能でも5kmで一個、10km卵の孵化からも極めて出にくいなど、強化難易度の高いポケモンです。カビゴンに限らずそのように強化難易度が高いやつは育てる候補が揃うのをしばらく待って、ジムで使う予定なら技の使い勝手も大事なので実際にジムで使って試したりしたうえで、育てる対象を選んだ方がよろしいかと思います。

トレーナーレベル30越えですが、回答させて頂きます。

Q1.どちらをメインに強化すれば最終的なＣＰ値は高くなりますか？

A1.個体値を計算するアプリを使用し、個体値の高いカビゴンの
　　ほうがCP値は高くなります。
　　今すぐ、ネットで「個体値計算 アプリ」で検索しましょう!

Q2.ジム戦見据えた上でもいかがなものなのでしょうか？

A2.カビゴンはHPが高い為、十分ジム戦で使えます。
　　今のうちに、強くしましょう!!

何故不必要な重さと高さを表記して、

技とかCPレートを表記しないので？

個体を比較する場合、CPの他に、技と個体値が重要になります。

１、技
攻撃に使う場合はしたなめ／はかいこうせん、防衛で使う場合はずつき／はかいこうせんがおすすめです。のしかかりも悪くないですが、じしんはタイプ一致でないので、いまいちです。

２、個体値
個体値とは、ポケモン１つ１つに設定されている能力値のことです。リーダーの評価を聞くと、大体のところが分かります。詳しい数値まで調べたい場合は、こちらを参考にしてください：
https://pokemongo.gamewith.jp/article/show/35522

個人的には、個体値よりも技のほうが重要だと思います。あとは、CP1041の個体を強化するには、ものすごい量の砂とアメが必要になるので、覚悟しておいてください。

初期CPが低いため、そもそも強化をお勧めしません。
アメがもったいないです。

例外として、技の組み合わせがよく、個体値が高いものであれば強化してもいいと思います。

その情報量ではどちらともいえません

情報が少ないので、どちらとは言えませんが、自分なら個体値を調べて高い方を育てます。差があまりなければ、はかいこうせん持ちですかね。自分はカビゴンは弱く育ててないので、こんな回答しか出来ません