ポケモンGOの回答詳細

色違い難民 Lv320

公式サイトの「確認されている不具合」に記載されています。
現在、順次公開されているバージョン0.171.0で修正されているはずです。

以前に登録したポケモンが、ポケモン図鑑に登録されているように表示されない場合がある
不具合内容：以前に捕まえて図鑑に登録されたポケモンの中には、捕まえられていないように見えるものがあります。
これは視覚的な不具合で、特定の性別または色違いのポケモンが含まれます。
修正後にはこれらのポケモンは再び登録済みとして表示されます。
ステータス：次回のアップデートで修正予定

https://niantic.helpshift.com/a/pokemon-go/?p=web&s=release-notes-known-issues&f=known-issues&l=ja