ポケモンGOの回答詳細

anon Lv61

https://twitter.com/PokemonGOAppJP/status/891166915745468417
> Pokémon GO のバージョン0.69.1 (Android / iOS) へのアップデートを開始しました。※iOSは App Store上では1.39.1 と表示されます。

とのことなので、アプリ内でのバージョン表示は「0.69.1」なのだと思います。

なぜApp Storeでそういった表示にしているのか疑問ですし、公式サイトの日本語版ページと英語版ページでバージョンの説明が異なっているのでますます混乱しますけど・・・
https://pokemongo.nianticlabs.com/ja/post/
https://pokemongo.nianticlabs.com/en/post/