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ポケモンGOの回答詳細
当然ながら公式発表ではないので、あくまで攻略サイトでの検証結果となりますが、イベント時を除くと、ポケモンによって（≒レア度により）色違いの確率は決められていて、出現方法では変わらないというのが最近では主流の説となっているようです。
（有志による検証結果なのでハッキリとした数値が確定しているわけではなく幅があり、またサイトによっても多少の差異があります）
通常レイドでの2％（1/50）というのは、野生で出現しないアブソルなどの確率がそれくらいで、野生でそこそこ出る（レア度の低い）ポケモンは野生と同じく1/400〜1/500と言われてますので、レイドパスのコストを考えるとレイドで狙うのは厳しいです。
野生で出るには出るが、レア度の高いポケモン（プテラなど）は1/60くらいと言われてますので、レイドやタスクでは比較的出やすいと思われます。
前置きが長くなりましたが、実感できるかというとなかなか難しいのですが、言われてみたら確かにそうかなと感じることはあります。
以前には「野生よりレイドが出やすい」などと言われていたこともあり、色違い狙いでレイドやってましたけど、レア度の低いポケモンだとほぼ出ないのでやらなくなりましたね。
当サイトでは、色違い出現率について以下のように解説されています。
ポケモン毎に調査を行っていくと、ポケモンによって色違いの出現確率が変わってきていることがわかっている。色違いはレイド、タマゴ、野生、リワードなど様々な入手方法が存在するが、出現方法によって色違いの確率が変わるわけではないようだ。
ただし、コムデイでは高くなるとのことですが、、
みなさんは、野良も孵化もタスクもレイドも、色違い出現率は同じで、その率はポケモンごとに異なる、と実感されていますか？
ちなみに他サイトには、野生0.22％、伝説レイド5.3％、通常レイド2.0％、孵化2.0％、タスク1.7%と、出現方法によって違うとの解説もありました。
自分としては、伝説レイドの出現率5％にはうなづけるのですが、伝説は大発見以外に他の出現方法がないので何とも言えません。ポケモンごとに野良も孵化もタスクも確率は全て同じと言われても、うーん、どうなんでしょうか？
回答ありがとうございます。流石に専門分野の的確なご指摘、感心しました。アブソルやクチートを基準にレイドでの確率を期待するととんでもないことになりますね。プテラやラプラスは自分でも実感がありますので、レア度が高いポケほど色違い確率も高いと考えるのは自然かと思います。元々は孵化とレイドで比較的色違い確率が高かったコリンクは、卵ドロップの確率を高くしたにもかかわらず、色違いの確率はそのままなので、色違いを入手しやすくなっているのでは？などと推測したりしています。