ポケモンGOの回答詳細

ネットワーク状態が悪いとき、そのようなことはあり得ます。
これはポケモンに限らずこの種のゲームでは仕方ない面があります。

サーバーとの接続が一時的に途切れたとき、アプリ側はある程度バトルの状態を予測して処理を進め。サーバーとの接続が回復した際に、正しいデータ（サーバー側のデータ）に更新します。

例えば、バトル中にレイドボスのHPゲージが一度は赤になったのに、回復して黄色に戻ることがありますが、これもシステムが予想したHPよりも、実際のHPのほうが多かったため、正しいデータに更新した結果、レイドボスのHPが回復したように見えてしまうのです。

おそらくはご質問のケースでも、アプリ側の予測では倒せてたけど、実際のサーバー上のでデータでは倒せてなかったのだと思います。

海外サイトの掲示板に類似ケースについてのナイアンからの回答があります。
https://www.reddit.com/r/TheSilphRoad/comments/6v551s/raid_boss_gaining_hp_unbeatable/?utm_term=29625802762&utm_medium=comment_embed&utm_source=embed&utm_name=d688734d-af1e-4e23-bf70-7ac4129a5405&utm_content=footer
（日本語訳が他の攻略サイトにあるんですが、ここに貼るわけにもいかないのでご了承ください）