ポケモンGOの回答詳細

メガニウム160　168　202(30.2%　31.7%　38.1%/530)
キレイハナ150　169　189(29.5%　33.3%　37.2%/508)
モンジャラ130　183　205(25.1%　35.3%　39.6%/518)
キマワリ　150　185　148(31.1%　38.3%　 30.6%/483)
フシギバナ160　198　198(28.8%　35.6%　35.6%/556)
ラフレシア150　202　170(28.7%　38.7%　32.6%/522)
ウツボット160　207　138(31.7%　41.0%　27.3%/505)
ナッシー　190　233　158(32.7%　40.1%　27.2%/581)
左から、HP　攻撃　防御 の種族値（HP　攻撃　防御 の種族値合計との割合/種族値合計）
（攻撃の低い順）

私も太陽の石がなかなか手に入らない関係から草タイプが気になっていたのでちょっと個人的にまとめてみました。
一部を除き、どれも配置用にはならないと思うので最大CPの比較ではなく、同じCPだったときのステータスのバランスを比較したものです。

質問に上がっているラフレシアとキレイハナを中心に比較します。
ラフレシアはCPのうち攻撃が高く、HPが低いです。同タイプではフシギバナ・ウツボットがいます。攻撃はそれぞれ僅差で、フシギバナ＞ラフレシア＞ウツボットの順で耐久が高いようです。草タイプのなかでは攻撃が高い方ですね。

キレイハナはCPのうち防御が高く、HPが低いです。同タイプではメガニウム・モンジャラがいます。それぞれ草タイプの中では耐久面が優秀です。その中でもメガニウムがHP型、モンジャラが攻撃型、キレイハナがバランス型という位置づけができるかと思います。

ラフレシアは、フシギバナ・ウツボット。
キレイハナは、メガニウム・モンジャラ。
がそれぞれ対抗馬になると思うので、対抗馬になる種類が手に入りにくい方へ進化させるという選択もありだと思います。

あと別の角度では、太陽の石を同じく使うキマワリは攻撃が高い草単一タイプなので、攻撃が高い種類が好みでしたら太陽の石はキマワリに使い、ラフレシアに進化させるのもいいと思います。

長くなりましたが私個人としては、キレイハナと比較するとモンジャラやメガニウムの方が強そうなので、クサイハナを進化させるならラフレシアに、太陽の石はキマワリに使おうと思いました。