ポケモンGOの回答詳細

とんぬら Lv162

アップデートからフリーズが増えたようには感じませんが、進行不能（アプリは動いているが先に進まない状態）は増えたように感じます。　exボールを投げた後や捕獲時の通信時

原因は運営でもないのでわかりませんが、その場合はサスペンド（ホーム画面に戻る）させてもどってくると先に進むことが多いです。
アップデート前はサスペンドさせてもダメだったんですがね。。。

博士に送ってポケモンが減ってるなら飴も増えていると思いますよ。
通信を受信できずに「もらえました」の演出がでなくとも、サーバー上ではポケモンを減らすのと飴を増やすのを同時に行ってるので、減るという事だけがおきる事は考えづらいですね。
飴が増えていないならアプリを再起動すればデータを取り直すので反映されているかと。