ポケモンGOの回答詳細

コレクター約9000、ブリーダー約1000ですが、今のところ9種類です。

カイリュー
カビゴン
ウインディ
ラフレシア
ゲンガー
ラッタ
アーボック
ドードリオ
ペルシアン

ウインディは残念ながら技コケで技マシン待機中です。

野生で全ての個体値の出る確率が均等だとすれば個体値100％の確率は
1/16^3=1/4096
です。
実装当初は攻撃力の個体値が図鑑ナンバーに比例してほぼ固定だったり、巣のポケモンが低個体値などの縛りがありましたが、9月下旬のアップデートで縛りがなくなり均等になったので、現在は確率どおりだと思われます。
平均すればだいたい4000体に1回出会えるはずです。

私は野生で捕獲したのはカイリューの進化元のミニリュウだけです。
ミニリュウは攻撃力の個体値が15に固定時代に捕まえたものですので、純粋に1/4096を引き当てたことは9000体捕まえた現在でもないです。
ミニリュウを入れたとしても、9000体捕まえて1体以下の確率は約35.5%なのでやや運が悪いです。

タマゴから生まれる確率は、実装当初から変わらず
1/6^3=1/216
だと思われます。
こちらは1000回で8回以上引き当てる確率は約9.7%なので、上位10%の運の良さではあるようです。

質問者さんは野生で10016体で1体ということですので、単純に10016回で1/4096が1回以下の確率は約29.9%で、やや運が悪いことになります。
ただ9月下旬のアップデートまでは、ミニリュウなどの図鑑ナンバーが一番後ろのポケモン以外は野生で個体値100%を捕まえるチャンスはほぼなかったので、9月下旬以降に野生で捕まえた数で考えるのがより正しいです。
そう考えればだいたい確率どおりではないでしょうか。