ポケモンGOの回答詳細

かなり不自然なタイミングで、内容も今までと大きく違ったことから、何か特別な事情があり大きな力が働いたのだろうと考えています。

今回の変更で、全国的に巣が大きく減ってしまったようです（その代わりに一般のポケソースから様々なポケモンが出現する可能性が少し上がったように感じています）。
とくに、私は東京在住ですが、東京には集めたくなるようなポケモンの巣はほとんどなくなってしまいました。
なぜそうしたかは、bot対策とAPIの変更によるマップツール対策とタイミングが近いことがヒントになるのではないかと思います。
警察から改善の要請を複数回受けていましたから、マップツール対策を警察への回答のメインにすることは間違いないだろうと思います。
それと同時に、「人が集まるところも減らしましたよ」という回答も添えるために、9月末の巣の変更から間もなかったにもかかわらず急遽再度出現調整を行うことにしたのではないでしょうか。
巣の変更からマップツール対策まで数日の期間が開いたことは、巣の減少・変更とマップツール対策を同時にしてしまうとプレイヤーへの影響が大きくなりすぎてしまうことを配慮したためでないかと想像しています。

東京（もしかしたら他の都市部も？）から極端に巣が少なくなったことは、地方へ足を向けさせることを考えているようにも見えなくはないです。
ただそうだとしてもあまりきめ細やかにやっているようには見えず、今回の変更は急いで暫定的にやったものではないかと考えています。

いずれにしても、マップツール対策で巣その他の出現情報が出づらくなったことも合わせて（マップツールを使っていなくても情報という形でほぼ全てのプレイヤーがマップツールの恩恵を受けていた状況でした）、良い悪いは別として、かなり遊びづらくなってしまいました。
ただ安全にするだけでなくプレイヤーにとっても魅力的な改善をどんどんしていって欲しいものです。